Defesa de dissertação (09/12/2024): Mateus do Amor Devino Pereira
Discente: Mateus do Amor Devino Pereira
Título: Uma Comparação de Workflows para Análise de dados de scRNA-seq para Identificação de Genes Diferencialmente Expressos em Câncer de Mama
Orientadores: Eduardo Bezerra da Silva (orientador) e Kele Teixeira Belloze (co-orientadora)
Banca: Eduardo Bezerra da Silva (PPCIC / CEFET-RJ), Kele Teixeira Belloze (PPCIC / CEFET-RJ), Pedro Henrique González Silva (PPCIC / UFRJ), Fabrício Alves Barbosa da Silva (FIOCRUZ)
Data: 09 de dezembro de 2024, às 10h
Resumo: Nos últimos anos, pesquisas com dados multiômicos desempenhou um papel importante no entendimento da biologia celular. Em particular, a análise de dados de sequenciamento de RNA de células únicas contribuiu para a descoberta de medicamentos e na identificação de biomarcadores de doenças complexas, como o câncer. No entanto, quando se trata de analisar dados de scRNA-seq, várias etapas do processamento podem ser feitas de maneiras diferentes. Este estudo fornece uma comparação de diferentes combinações de técnicas em um workflow de scRNA-seq, evidenciando como cada uma dessas etapas impacta os resultados. Realizamos experimentos em três conjuntos de dados transcriptômicos de diferentes magnitudes de número de amostras. Nossos experimentos consistem em aplicar um conjunto de técnicas de pré-processamento e agrupamento a dados de scRNA-seq de câncer de mama. Também realizamos um estudo de ablação para entender como cada técnica influenciou os resultados do experimento.
