{"id":2872,"date":"2020-01-10T15:34:51","date_gmt":"2020-01-10T18:34:51","guid":{"rendered":"https:\/\/eic.cefet-rj.br\/ppcic\/?p=2872"},"modified":"2025-09-03T18:53:03","modified_gmt":"2025-09-03T21:53:03","slug":"defesa-de-dissertacao-17-01-2020-ribamar-santos-ferreira-matias","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/eic.cefet-rj.br\/ppcic\/defesa-de-dissertacao-17-01-2020-ribamar-santos-ferreira-matias\/","title":{"rendered":"Defesa de disserta\u00e7\u00e3o (17\/01\/2020): Ribamar Santos Ferreira Matias"},"content":{"rendered":"<p><strong>Discente:<\/strong> Ribamar Santos Ferreira Matias<\/p>\n<p><strong>T\u00edtulo<\/strong>: Integra\u00e7\u00e3o de Dados como Apoio a Modelagem de C\u00e9lula Inteira da Bact\u00e9ria\u00a0<i>Pseudomonas aeruginosa<\/i>\u00a0CCBH4851<\/p>\n<p><strong>Orientadora<\/strong>: Kele Teixeira Belloze<\/p>\n<p><strong>Banca<\/strong>: Kele Teixeira Belloze (presidente), Eduardo Bezerra da Silva<span style=\"font-size: small;\"><span style=\"font-family: Arial, sans-serif;\">\u00a0<\/span><\/span>(CEFET\/RJ), Fabr\u00edcio Alves Barbosa da Silva (FIOCRUZ)<\/p>\n<p><strong>Dia\/Hora<\/strong>: 17 de janeiro de 2020\/ 10:00h<\/p>\n<p><strong>Sala<\/strong>: Audit\u00f3rio V &#8211; 5\u00ba andar<\/p>\n<p><strong>Resumo<\/strong>:<\/p>\n<p>A an\u00e1lise comparativa de genomas por meio de processos computacionais \u00e9 uma abordagem de baixo custo e com potencial promissor para apoiar pesquisadores. Tal an\u00e1lise \u00e9 favorecida ao considerar os diversos dados oriundos de estudos sobre organismos modelo, dispon\u00edveis em bancos de dados p\u00fablicos. Esta abordagem foi utilizada no presente trabalho, para analisar o genoma da cepa\u00a0<i>Pseudomonas aeruginosa<\/i>\u00a0CCBH4851. Esta cepa, identificada no Brasil em 2008, est\u00e1 sendo pesquisada pela FIOCRUZ e parceiros, em fun\u00e7\u00e3o de sua associa\u00e7\u00e3o a infec\u00e7\u00f5es hospitalares, e do seu alto grau de resist\u00eancia, detectado ap\u00f3s testes com diversos antibi\u00f3ticos. Neste sentido, o levantamento de prote\u00ednas essenciais, que possam auxiliar no desenvolvimento de novos antibi\u00f3ticos no combate \u00e0 bact\u00e9ria, torna-se relevante. Deste modo, o objetivo deste trabalho \u00e9 construir uma base de dados para ampliar o conhecimento dispon\u00edvel sobre a\u00a0<i>P. aeruginosa<\/i>\u00a0CCBH4851, a partir de dados provenientes de estudos aprofundados com outros organismos. Esta base de dados re\u00fane informa\u00e7\u00f5es como anota\u00e7\u00f5es por ontologia das prote\u00ednas da bact\u00e9ria, dados sobre homologia e ortologia, e indicadores de similaridade sem\u00e2ntica funcional, entre suas prote\u00ednas e as de organismos de refer\u00eancia no estudo da esp\u00e9cie\u00a0<i>P. aeruginosa<\/i>. Como complemento, foi elaborado um processo de aprendizado de m\u00e1quina, com intuito de inferir quais prote\u00ednas da bact\u00e9ria t\u00eam caracter\u00edsticas essenciais, que s\u00e3o o alvo preferencial para a\u00e7\u00e3o dos antibi\u00f3ticos. Para reunir este conjunto de informa\u00e7\u00f5es, foram empregados m\u00e9todos estritamente computacionais, com o apoio de ferramentas para an\u00e1lise de sequ\u00eancias gen\u00f4micas, como Blast2GO, InterProScan, GOGO, Blastp e Orthofinder, referenciando conjuntos de prote\u00ednas provenientes de bancos de dados gen\u00f4micos p\u00fablicos, como Uniprot, OGEE, Interpro e KEGG. O processo de aprendizagem de m\u00e1quina consistiu na execu\u00e7\u00e3o de uma rede neural LSTM, cujas predi\u00e7\u00f5es seriam posteriormente confrontadas com os resultados de anota\u00e7\u00e3o, semelhan\u00e7a e similaridade sem\u00e2ntica. Embora sejam menos precisos que as an\u00e1lises por curadoria manual, os m\u00e9todos computacionais evoluem continuamente, e novas tecnologias e ferramentas para bioinform\u00e1tica s\u00e3o frequentemente disponibilizadas. Estes recursos t\u00eam potencial promissor para auxiliar os pesquisadores nas tarefas de conhecimento dos genomas e tomada de decis\u00e3o. Na base de dados criada, est\u00e3o dispon\u00edveis as anota\u00e7\u00f5es pela ontologia Gene Ontology, de aproximadamente 60% do total de prote\u00ednas, indicadores de similaridade sem\u00e2ntica, assim como o conjunto de prote\u00ednas ort\u00f3logas da cepa <i>P. aeruginosa<\/i> CCBH4851, obtidos atrav\u00e9s de processos comparativos com proteomas de refer\u00eancia. Por fim, o projeto sugere um fluxo de atividades que pode ser aplicado como abordagem inicial gen\u00e9rica nos estudos de novos genomas, que pode ser aprimorado e estendido por trabalhos futuros.<\/p>\n<div><a href=\"https:\/\/sucupira.capes.gov.br\/sucupira\/public\/consultas\/coleta\/trabalhoConclusao\/viewTrabalhoConclusao.xhtml?popup=true&amp;id_trabalho=10217184\"><img decoding=\"async\" class=\"alignnone wp-image-3271\" src=\"https:\/\/eic.cefet-rj.br\/ppcic\/wp-content\/uploads\/2018\/05\/logo-sucupira.png\" alt=\"\" width=\"81\" height=\"29\" \/><\/a><\/div>\n<div><strong>Disserta\u00e7\u00e3o <\/strong><a href=\"https:\/\/eic.cefet-rj.br\/ppcic\/wp-content\/uploads\/2020\/01\/15-Ribamar-Santos-Ferreira-Matias.pdf\"><img decoding=\"async\" class=\"alignnone wp-image-3273\" style=\"-webkit-text-stroke: 0.15px;\" src=\"https:\/\/eic.cefet-rj.br\/ppcic\/wp-content\/uploads\/2018\/05\/download-logo2.png\" alt=\"\" width=\"15\" height=\"14\" srcset=\"https:\/\/eic.cefet-rj.br\/ppcic\/wp-content\/uploads\/2018\/05\/download-logo2.png 222w, https:\/\/eic.cefet-rj.br\/ppcic\/wp-content\/uploads\/2018\/05\/download-logo2-150x150.png 150w\" sizes=\"(max-width: 15px) 100vw, 15px\" \/><\/a><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Discente: Ribamar Santos Ferreira Matias T\u00edtulo: Integra\u00e7\u00e3o de Dados como Apoio a Modelagem de C\u00e9lula Inteira da Bact\u00e9ria\u00a0Pseudomonas aeruginosa\u00a0CCBH4851 Orientadora: Kele Teixeira Belloze Banca: Kele Teixeira Belloze (presidente), Eduardo Bezerra da Silva\u00a0(CEFET\/RJ), Fabr\u00edcio Alves Barbosa da Silva (FIOCRUZ) Dia\/Hora: 17 de janeiro de 2020\/ 10:00h Sala: Audit\u00f3rio V &#8211; 5\u00ba andar Resumo: A an\u00e1lise comparativa [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":4,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_monsterinsights_skip_tracking":false,"_monsterinsights_sitenote_active":false,"_monsterinsights_sitenote_note":"","_monsterinsights_sitenote_category":0,"footnotes":""},"categories":[14,33],"tags":[],"class_list":["post-2872","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-defesas","category-noticias-pt"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/eic.cefet-rj.br\/ppcic\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2872","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/eic.cefet-rj.br\/ppcic\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/eic.cefet-rj.br\/ppcic\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/eic.cefet-rj.br\/ppcic\/wp-json\/wp\/v2\/users\/4"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/eic.cefet-rj.br\/ppcic\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=2872"}],"version-history":[{"count":9,"href":"https:\/\/eic.cefet-rj.br\/ppcic\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2872\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":3956,"href":"https:\/\/eic.cefet-rj.br\/ppcic\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2872\/revisions\/3956"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/eic.cefet-rj.br\/ppcic\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=2872"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/eic.cefet-rj.br\/ppcic\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=2872"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/eic.cefet-rj.br\/ppcic\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=2872"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}